Ферганский государственный университет считается одним из ведущих высших учебных заведений Узбекистана. Как вуз с прочной материальной базой, он более 70-и лет готовит высококвалифицированных специалистов для разных сфер народного хозяйства, системы образования, ведется научно-исследовательская работа по фундаментальным направлениям науки.
История образования университета связана с периодом восстановления народного хозяйства 30-х годов прошлого века, развития системы образования, подготовки квалифицированных кадров для разных отраслей и в первую очередь для народного образования. Именно в это время на основании решения Совета Народных Комиссаров Узбекистана от 1 мая 1930 года был создан Ферганский высший педагогический институт. Открытие института в Ферганской долине имело большое значение не только для развития образования, но и открыло путь расцвету науки и культуры. Этот вуз до сегодняшнего дня выпустил более десяти тысяч высококвалифицированных кадров для разных отраслей народного хозяйства.
К 80-м годам прошлого века стали развиваться производственные силы Ферганской области, а также всей Ферганской долины, наряду с этим имело особое значение внедрение достижений науки и техники в народное хозяйство. Руководящие органы области и широкая общественность связали решение таких проблем, как повышение уровня науки и техники в Ферганской долине, правильное использование научного потенциала в развитии индустрии и народного хозяйства с переименованием Ферганского педагогического института в университет. Постановлением Кабинета Министров Республики Узбекистан от 1 марта 1991 года о «Создании Ферганского государственного университета» Ферганскому педагогическому институту был дан статус Ферганского государственного университета.
С того времени произошли большие структурные изменения в системе этого учебного заведения. Открылись новые факультеты, кафедры и несколько специальностей. С 1991-1992 учебного года в ФерГУ началась подготовка кадров по следующим новым специальностям: прикладная социология, психология, правоведение, рациональное использование природных ресурсов и охрана окружающей среды, экономика и управление, экономика и социальное планирование, биотехника и медицинские аппараты.
Значительно улучшился профессорско-преподавательский состав. В 1991-1992 учебном году в университете обучали студентов 545 преподавателей. Из них 19 имеют учёную степень – доктора наук, а 208 – кандидата наук.
Если в 1991-1992 учебном году в университет было принято 1178 студентов, из которых на очном отделении обучалось 5053 студента, то в 2002-2003 учебном году было принято 2040 бакалавров, 115 магистров, что составило – 8181 человек, из них 1650 обучаются на заочном отделении.
Серьёзное внимание уделяло руководство университета на улучшение повышению структуры профессорско-преподавательского состава, что повлияло на рост количества докторов и кандидатов наук, доцентов и профессоров. К 2007-2008 учебном году из 546 преподавателей 32 удостоились научной степени доктора наук и профессора, а 140 – кандидата наук и доцента. Такой результат положительно отразился на качестве образовательного процесса.
За годы независимости преподаватели университета повышали квалификацию не только в нашей стране, но и за рубежом. В течение 1991-2007 гг. более ста профессоров, преподавателей, научных сотрудников и аспирантов, побывав в таких странах, как США, Франция, Англия, Германия, Япония, Индия, Сингапур, Малайзия, Турция, Южная Корея и Россия, ознакомились с их системой образования.
В «Национальной программе по подготовке кадров» магистратура является особым этапом образования.
С 2000 года в университете по специальностям: дифференциальные уравнения, физиология людей и животных, ботаника, неорганическая химия, теоретическая физика, экономика отраслей, литературоведение, лингвистика, история Родины, методы социологических исследований, открылась магистратура. В 2002 году первые ласточки из 20 человек окончили магистратуру. В 2003 году открылась магистратура по новым направлениям, их число достигло до 16.
Если сегодня по университету действует аспирантура по 14 специальностям, докторантура по двум направлениям, то это говорит о том, что вуз имеет непрерывную систему по подготовке высококвалифицированных кадров.