1991 yil 1 martda O‘zbekistonning Respublikasining birinchi Prezidenti Islom Karimovning imzosi bilan Farg‘ona shahrida pedagogika instituti negizida yangi oliy o‘quv yurti – universitet tashkil etish to‘g‘risida qaror qabul qilindi. SHunday qilib, mustaqillik e’lon qilinishi arafasida vodiyda birinchi, respublikada esa to‘rtinchi universitet – Farg‘ona davlat universiteti tashkil etildi. Universitetning birinchi rektori etib fizika-matematika fanlari doktori, professor M.Q.Qoraboev tayinlandi.
Farg‘ona davlat universitetining tashkil etilishi viloyat va butun vodiyning ijtimoiy va madaniy hayotida muhim voqea bo‘ldi. Universitet maqomidagi oliy o‘quv yurtining vujudga kelishi nafaqat yuqori malakali kadrlar tayyorlash, balki mintaqada ilm-fan taraqqiyoti uchun ham yangi ufqlar ochib berdi. Farg‘onada universitetning ochilishi bu erda yangi kadrlar va tadqiqotlar markazlarini tashkil etish, keng ko‘lamda ilmiy tadqiqot ishlarini olib borish, fan va texnika yutuqlarini ishlab chiqarishga joriy etish hamda mintaqaning ijtimoiy-iqtisodiy taraqqiyotini jadallashtirishga munosib hissa qo‘sha boshladi.
2000-2001 o‘quv yilidan boshlab Farg‘ona davlat universitetida 28 nafar magistrant, 5 ta – tilshunoslik, Vatan tarixi, differensial tenglamalar, iqtisodiyot va biologiya mutaxassisliklari bo‘yicha davlat grantlari asosida tahsil ola boshladilar. Keyinchalik magistratura tizimi kengayib bordi. Bu erda yangi mutaxassisliklar ochildi hamda kontrakt-shartnoma asosida ham magistrantlar qabul qilina boshlandi.
2004-2005 o‘quv yilida 18 ta mutaxassislik bo‘yicha 58 nafar magistrlar qabul qilindi. 2009-2010 o‘quv yiliga kelib, 11 mutaxassislik bo‘yicha 56 nafar magistrlar qabul qilindi. 2014-2015 o‘quv yilida mutaxassisliklar soni 13 ta bo‘lib, magistrlar soni 147 nafarni tashkil etdi. Ulardan 75 nafari bitiruvchilar hisoblanadi.
Universitet professor-o‘qituvchilari tomonidan yaratiladigan zamonaviy o‘quv adabiyotlari oliy ta’lim yo‘nalishlari va mutaxassisliklarining yangilangan klassifikatori, uning asosida takomillashtirilgan Davlat ta’lim standartlari, o‘quv rejalari va fan dasturlariga muvofiqligi, o‘rnatilgan tartibda muhokama va ekspertizadan o‘tkazish, boshqa adabiyotlardan ko‘chirib yozish kabi holatlar bo‘lmasligiga kafedra mudirlari mas’ul deb belgilandi.
2014-2015 o‘quv yiliga kelib, universitetda 9 ta fakultet faoliyat yuritib, kafedralar soni 28 tani tashkil etdi. Ularda 509 shtat birligida professor-o‘qituvchilar, bakalavriat bo‘yicha 33 yo‘nalishda, magistratura esa 14 yo‘nalishda kadrlar tayyorlanib kelinmoqda. Talabalarning umumiy kontingenti bakalavriatda 6140 nafar, magistraturada esa 147 nafarni tashkil etmoqda.
Eng ulug‘, eng muqaddas bayramimiz – O‘zbekiston Respublikasi mustaqilligining shonli 24 yilligi arafasida Farg‘ona davlat universiteti (oldingi Farg‘ona davlat pedagogika instituti) 85 yoshga to‘ldi. 1930 yilda tashkil topgan bu ma’rifat maskani o‘z davrida O‘zbekistonning dastlabki oliy pedagogika o‘quv yurtlaridan biri edi. O‘tgan yillar davomida bu ziyo o‘chog‘i murakkab va mashaqqatli yo‘lni bosib o‘tdi. Uning boy ijodiy va tarixiy yo‘li Farg‘ona vodiysi, qolaversa, butun respublikamiz ijtimoiy-iqtisodiy va madaniy hayotida o‘ziga xos o‘chmas tarixiy iz qoldirdi.