Имеет ли право руководство вуза не допускать к ИК тех, кто не полностью оплатил контракт?

Нет, они не имеют на это права, и неоплата контракта не может быть основанием для невключения студента к ИК и сессиям. Если студент вообще не оплачивает контракт, его могут отчислить.

Нельзя не допускать студента к итоговому контролю, умышленно ставить н.б. вне занятий или совершать иные противоправные действия.